A ver si lo he entendido. Por ejemplo, si tienes el archivo:
01 02 03 AA BB 01 02 03 CC DD EE FF
Quieres un programa que, le digas la cabecera "01 02 03" y te extraiga dos archivos:
01 02 03 AA BB
01 02 03 CC DD EE FF
Si es asi, lo que buscas los forenses lo llaman "file carving" o "data carving". Ya tienes palabras clave para buscar en google
En Linux yo he usado herramientas como foremost, scalpel o binwalk que, ademas de poder extraer formatos conocidos (JPEG, AVI, etc) gracias a que buscan cabeceras y extraen trozos, te permiten tambien especificar la ristra de bytes que tu quieras como cabecera, que es lo que estas buscando.
No se si hay versiones nativas en windows, o que trabajo da correrlo en windows montandote un cygwin o similares.
https://neosysforensics.blogspot.com/2009/02/data-carving.htmlCon una busqueda rapida me sale algo similar en windows ->
https://mark0.net/soft-trid-e.html Si te permite especificar una cabecera como separador ya lo tendrias.
Tambien con un editor hexa lo podrias hacer de forma manual buscando la ristra de bytes que haga de delimitador, pero lo suyo es que sea automatico, quizas algun editor hexa te permita definir una ristra de bytes que haga de separador/cabecera y lo haga 100% automatico, que es lo suyo.
Un script en python, powershell o similar seria factible. Probablemente alguien haya compartido algo ya.
Mucha suerte, espero que te pueda servir para buscar, aunque no sepa dar nada concreto, mi experiencia en win es casi nula, me cuesta usarlo, aprovechando la cuarente me pille un thin-client de segunda mano y me instale Windows XP para jugar a abandonware, soy un manta,
quise cambiar la IP y estuve media hora dando vueltas por el panel de control no, me confundi, eso me paso en Win7, ahi si fue un laberinto para mi.