Algunas versiones del w98se se instalan sobre FAT16, x lo q quizas tu problema es q al formatear te ha mantenido la particion FAT32 q lo puede reconocer como NO_DOS. Arranca con el cd del w98 y escoge el simbolo de sistema, no iniciar la instalación, utiliza el Fdisk xa cargarte la partición y crear una nueva partición primaria, en este momento te pedirá de reiniciar. Reinicia y prueba a instalar ahora; quizas tengas q formatear de nuevo el HD despues de crear la nueva partición.